Autoridad colegiada encargada de dar seguimiento a la marcha de la Universidad de acuerdo al Modelo Educativo de la Compañía de Jesús.

El Consejo Universitario privilegia:

• Escuchar la información proporcionada por las direcciones responsables de la marcha cotidiana de la Universidad, de acuerdo a una agenda propuesta por el Presidente del Consejo.
• Analizar cuál es el desarrollo de la planeación institucional, dirigida a alcanzar los objetivos de la Universidad.
• Evaluar si los medios que se están utilizando son los mejores para los fines buscados, con base en la normativa institucional.
• Ordenar las modificaciones al quehacer educativo para alcanzar las metas deseadas que permitan cumplir con la Misión institucional.

El Consejo Universitario está conformado por los siguientes integrantes:

• Mtro. Mario Patrón Sánchez – Rector – Presidente 
• Mtro. Ildefonso Navarro Zayas, S.J. – Representante de la Compañía de Jesús  
• Lic. Fernando González Astrain - Representante del Patronato FIESGOCEAC 
• Lic. Carlos Payró Thomas – Representante del Patronato CUGOCEAC  
• Dra. Claudia Magallanes Blanco - Representante de la DGA 
• Mtra. Liliana Moreda Tobón – Representante de la DGMU 
• Mtra. Sara Larios Santoyo – Representante de la DGAF 
• Mtro. Daniel Romero Arcos – Representante de la DGV 
• Ricardo Gómez Rodríguez – Representante de estudiantes 
• Lic. Lucila Garzón Barranco – Representante de personal docente  
• Mtro. Gabriel Fernando Escondrillas Herrera – Representante de graduados 
• Mtro. Noé Agustín Castillo Alarcón – Director de Asistencia a la Rectoría - Secretario